目前用git维护多环境的dot文件，一个环境一个branch。

结果遇到了问题就是，在一个branch修改了公共部分的文件就会导致其他branch更新太麻烦，而且merge来merge去的搞得git的history很混乱。

因为不同的环境下，权限不同，有很多变量也需要去修改，配置文件中还有公共的部分，感觉维护的好痛苦。

以前想过就一个配置文件，然后在里面加if xxx 去区分环境，但是配置文件的if功能也不是很强大。而且没有想倒有什么好方法去用if区分。

大家都是怎么维护多环境的配置文件呢？
用Dropbox同步，还有个Raspberry Pi是用BTSync同步过去的。
环境变量主要是bashrc/zshrc的问题吧，我是把所以机器公用的部分写到profile.sh，然后在主rc文件里激活它。

楼上似乎没有理解楼主的意思，我来说说我的情况。
我曾经在三个颇为不同的多环境中并行工作（Windows/Cygwin，Mac，Ubuntu），也是用 git 维护，也是面对着分支合并修改等等带来的混乱。我记忆犹新的是维护 .vimrc 时候的惨状：写了无数的 if 来区分各种情况。
然后捏……然后我开始唯一地使用 Mac，丢掉其他两个平台，世界清净了。
我知道上述回答实属坑爹，但我想传达的意思就是这个：目前真的没有什么好方案，因为这其实并不是软件的问题，而是人的需求的问题。其实 git 已经很强大了，如果有心，写些 pre/post-hook 可以以自动化方式应对很多 merge 前后的问题，时常 rebase 一下解决 history 紊乱等等。但无论如何都相当耗费时间精力。所以，如果是硬需求，那就使用（各类）脚本去尽量让电脑帮你完成同步维护的核心工作吧。如果像我这种可以自行决定的，那就坚守一个环境（甚至一台硬件：是的，我只在一台电脑+nas上工作，因此连 dropbox 都不需要）好了。
说白了，我的建设性意见也就是 git 加上各类脚本，没有更好的。看看其他高手有啥好方案不？

有时候repeat yourself是最实用的解决方案，两个文件夹：available enabled
其它不在这两个地方的也都是软链接搞定，然后尽量多用Ansible/Salt这样的工具替代脚本，
有必要为个最常规的任务，搞那么复杂分支么？

一直很头疼呀，有些配置文件好像不支持if吧？
我在用if 都是直接在$HOME下touch一个新文件去作为区别。。。。
很多环境的配置也不同，lab的机器nfs share $home, 然后软件安装位置也头疼。

问题的关键是变量不同。。。 比如zsh的位置等等，有几个环境是实验/测试，在那些机器上我都没有root权限的