Linux 3.16.0-4-amd64 #1 SMP Debian 3.16.7-ckt9-3~deb8u1 (2015-04-24 ) x86_64 GNU/Linux

试试 Service 段加上 Type=forking ？

VPS 的物理内存多大？

改个方法吧 Debian+Docker+MongoDB

修改参数，第一次 mongod 启动会花费大量时间在创建文件。
preallocDataFiles: false
停止预分配，或者将超时监测时间增加。

直接用命令启动是 OK 的，稳定跑了几个月。。

本来有 Type=forking 的，不行，才删掉试试，还是不行。。唉

可能 Type=Simple ？
话说你这是系统包安装的？

以下是系统包里的配置。
[Unit]
Description=An object/document-oriented database
Documentation=man:mongod (1 )
[Service]
User=mongodb
ExecStart=/usr/bin/mongod --config /etc/mongodb.conf
[Install]
WantedBy=multi-user.target
所以，目测是你加的那个 PIDFile 有问题？
所以你最好还是贴一下配置文件，或者至少告诉大家你装的是哪里的版本吧……

ExecStart=/usr/bin/mongod --config /etc/mongodb.conf --fork

Type=forking
GuessMainPID=yes
删除自己的 PID 设置