可能更偏向GUI一点，CLI下的软件虽然好用，但都是老一套。。

Zsh：
配合oh-my-zsh，比bash好用的很。尤其是自动补全功能以及按方向键回溯历史功能。例子：
$ 很多操作
$ gi[按向上键]
此时并不是显示上一条命令，而是显示上一条含有gi的命令，绝对神器，减少了很多操作。

DeadBeef：
轻量级音乐播放器，可以播放APE

Gedit：
这个得配上gmate（很多主题和插件的集合）。不能和Vim比，但日常使用绝无问题。

Calibre：
跨平台的电子书管理，可根据ISBN自动下载Amazon/Google Books/豆瓣 的书籍信息，然后可以管理PDF/TXT/EPUB/MOBI等

gnome-mplayer:
Mplayer前端，比SMPlayer更轻量级，两者都不错

GParted：
GUI分区软件最佳，比GNOME那个强的多

LXDE：
轻量级桌面环境，本来想说纯Openbox的，但还是算了，自己配置倒是很爽，但挺浪费时间，还不如用现成的。

Byobu:
screen或tmux的包装，除了用Fn这种很容易冲突的快捷键外，还是比较不错的

Fcitx：
比GNOME自带的ibus的bug要少，ibus很多莫名其妙的bug，比如看不见输入框之类，很烦人

Tilda：
下拉式终端，KDE下可以用YaKuake。

Shutter：
截屏工具，不过一般就gnome-screenshot了。。


其他：
htop: better top
mtr: better traceroute
ack: better grep

总的来说不多，因为GUI下大部分时间都在chrome中，用Trello、Evernote、Google Docs、Gmail、SimpleNote、、、
楼主所述的有一半都不算小众了，甚至系统自带的也赫然在列。
LXDE都上了，我天..

awesome, tmux, pentadactyl, yong
目前几种必备的软件，一些基本系统自带的就不说了。
/t/35901
输入法之前也用fcitx，用上小小之后就没换过，习惯了，不知道这里还有用小小输入法的吗？虽然不开源。

Pidgin: 我最爱那个心灵感应模式
其实平时主要切换于Chrome, Firefox, Pidgin, Terminal, Eclipse之间

比起GNOME来说很小众了。。。另外表示用ArchLinux的话没有自带很多东西。。。装好只有几百M有木有

以前在FBterm下用过，其他输入法在终端下bug比较多。。小小不错。

昨天刚从楼主这了解到 Byobu =。=
既然有 LXDE 是不是也该有 Xfce 呢

kdeedu-step 简单的物理模拟

Gnuplot, matplotlib

LZ列举的基本都是大路货

Linux 下有没有好用的桌面笔记软件？
@9hills

想要evernote而不得，然后GNOME自带的Tomboy用不惯。。
所以现在一般都用simplenote或网页版的evernote了
其他选择还有vimwiki。

e17

xfce是大路货，我身边的archer基本都是xfce……

archlinux官方论坛混过后，这些都是大路货
个人推荐 rox，特别是用来当wm,虽然绝对是大路货了。。。
qingy也可以折腾下

不用ssh的话比较习惯用Terminator
Inkscape挺不错
游戏里面的大路货推荐Frogattoaa
看漫画的大路货 Comix，虽然没MagaMeeya快和方便

虽然很多人在用了，但是urxvt推荐
在终端里，对于 Linux 用户，urxvt 这个终端非常强大，可以使用 perl 扩展来匹配和执行命令，基本上可以完全实现管道工的这种匹配任意字符串且发送给其他程序的功能。
http://blog.youxu.info/2011/11/24/plan-9-plumber/
https://wiki.archlinux.org/index.php/Urxvt

cmus: music player.

相较e17，更喜欢e16..

pip install httpie
cURL for humans.

反之，我觉得e17是集轻量与绚丽于一身的无敌之物

dwm简洁实用

linux下nevernote支持evernote，然后下拉式终端 guake 更好。

guake更好+1
我github里有个自己改的版本，添加了快捷键清屏、多显示器、标签名自动更新等等
企图添加搜索功能，不过还要自己编译vte，有点麻烦

有没有好用的分屏软件的?

大家轻虐楼主

截图用 scrot

简体处理+浏览图片用 gthumb 而且还可以一键上传到 flickr picasa 这些相册
当然如果只是看看的话还是 feh ..

guake +1

那我推荐一个 mosh ( http://mosh.mit.edu/ ) 好了。
远程管理比 ssh 命令要舒服很多。